在微生物實驗室，必須達到一定程度的無菌狀態，以避免微生物污染。一個設計合理的微生物實驗室能提供一個合格的環境以支持實驗能夠準確有效地進行。首先，需要為實驗室選擇一個合適的物理位置，遠離其他操作區域。 實驗室必須是微生物實驗專用; 應有專門微生物檢測無菌間，并通過緩沖間與準備間等進行區隔。所以通常是通過以下幾點來保障實驗室的無菌環境。

　　通風和氣流

　　微生物實驗室應該有單獨的通風系統,與其他操作區域的空氣供給分開，空調系統的排氣必須直接排出實驗室，空調系統應定時清洗，并關注空氣過濾器的清潔。

　　易清潔

　　實驗室的墻面、屋頂和門都應該是平滑的，光潔易于清洗消毒的。墻的接縫包括強和墻之間，強和地面之間應該是弧形的，任何地方都應該不能聚集灰塵。

　　安保

　　實驗室應該是限制進入的，可以是卡片控制或者其他方式，只有那些被允許進入實驗室的人員才能進入。

　　工作區域

　　實驗室人員應該有充足的工作區域，從GLP標準來說，每人應有20平方米的區域。充足的工作區域可以避免工作中人員的碰撞，也避免了交叉污染。