二代測序實驗室新建設計原則上應當分為分區：樣本前處理區、試劑儲存和準備區、樣本制備區、文庫制備區、雜交捕獲區/多重PCR區域(第一擴增區)、文庫擴增區(第二擴增區)、文庫檢測與質控區、測序區、數據存貯區。但實際設計中的布局分區可根據實際情況合并，通常由建設方提出要求，或實驗室設計師給出建議、由雙方協商決定。但是在前處理和建庫時，血液樣本應與組織樣本分開。

　　新建二代測序實驗室部分參考標準

　　《分子病理診斷實驗室建設指南(試行)》

　　《醫療機構臨床基因擴增檢驗實驗室工作導則》

　　《個體化醫學檢測質量保證指南》

　　《腫瘤個體化治療檢測技術指南》

　　《個體化醫學檢測實驗室管理辦法》

　　《測序技術的個體化醫學檢測應用技術指南(試行)》進行。